Una delle maggiori limitazioni è dovuto al costo elevato del platino o di simili catalizzatori che devono essere usati sia al catodo che all’anodo. Allo stato attuale sono necessari 16.8 mg di catalizzatore per kW di potenza. Grazie a notevoli sviluppi la quantità richiesta è passata a circa 0.98 mg per kW o, in termini di costo, 25 € al kW considerando i prezzi attuali. La densità di potenza massima che attualmente si può raggiungere con le PEMFC commerciali (in genere sono pile da 5 kW) è di circa 195 kW/m³ I ricercatori confidano nel limite prossimo raggiungibile di 490 kW/m³. Nel breve orizzonte temporale un sistema a fuel cell che include il combustibile, i controlli, il sistema di raffreddamento e di rimozione dell’acqua prodotta operante a 3.1 bar (pressione richiesta al fine di ottenere una ragionevole densità di potenza) potrà produrre circa 45 kW/ m³ e circa 90 W/kg. Come riferimento, un motore a benzina di un’ utilitaria raggiunge i 400 W/kg. L’efficienza dei sistemi di generazione di energia elettrica da combustibile per applicazioni a fini pratici si aggira attorno a 35% - 45%. Molti reclamano il fatto che le prestazioni delle fuel cell sono generalmente misurate in condizioni di laboratorio, senza considerare gli accessori. L’efficienza attesa per un’automobile o un impianto alimentato da fuel cell è di circa 35%, sicuramente meglio del rendimento degli attuali motori a benzina e diesel. A causa della bassa temperatura di funzionamento delle celle a combustibile ad elettrolita polimerico si presenta il problema di come disperdere il calore in eccesso.